1、信號序列一般編碼器輸出信號除A、B兩相（A、B兩通道的信號序列相位差為90度）外，每轉一圈還輸出一個零位脈沖Z。。當主軸以順時針方向旋轉時，按輸出脈沖，A通道信號位于B通道之前；當主軸逆時針旋轉時，A通道信號則位于B通道之后。從而由此判斷主軸是正轉還是反轉。正弦輸出編碼器輸出的差分信號所示：
2、零位信號編碼器每旋轉一周發一個脈沖，稱之為零位脈沖或標識脈沖，零位脈沖用于決定零位置或標識位置。要準確測量零位脈沖，不論旋轉方向，零位脈沖均被作為兩個通道的高位組合輸出。由于通道之間的相位差的存在，零位脈沖僅為脈沖長度的一半。
3、預警信號有的編碼器還有報警信號輸出，可以對電源故障，發光二極管故障進行報警，以便用戶及時更換編碼器。
一、NPN/PNP開路集電極輸出（NPN/PNP Open Collector)：最基本的輸出方式，抗干擾能力差，輸出有效距離短。在旋轉編碼器中用于增量型編碼器輸出，現已較少使用。傳輸介質：所有導線，光纖，無線電高頻特性：NPN開路集電集輸出。
二、線驅動（TTL/RS422）：對稱的正負信號輸出，抗干擾能力強，最大傳輸距離1000m.傳輸介質：雙絞線高頻特性：佳在旋轉編碼器乃至現今工業控制系統作為電氣連接接口使用非常普遍。
三、推挽輸出（Push-Pull)：組合了PNP和NPN兩種輸出，對稱的正負信號輸出，可以方便地駁接單端接收，抗干擾能力強，（差分接收）；最大傳輸距離100m。傳輸介質：雙絞線（差分接收）；所有導線，光纖，無線電（單端接收）。高頻特性：好
四、其它：其它的接口方式還有RS232（C），RS485以及絕對編碼器常用的SSI，各種現場總路線（如Profibus,Devicenet,CANopen等）。
